改正医療法に伴い、有床診療所は2007年1月から48時間の入院期間制限が廃止される代わりに医療計画の基準病床制度に加えられ、開設や増床する際には都道府県知事の許可が必要となり、事実上、過剰病床の保健医療地域では新規の開設は不可能になる。ただし医療過剰地域であっても、医療計画にとくに必要とされる機能を有する有床診療所については知事勧告の対象外となる。
病床過剰医療圏でも有床診療所を設置できる条件として厚生労働省の医政局は、概ね次の3点を挙げている。「在宅医療の推進のために必要な有床診」、「へき地で医療を提供する」、「小児医療、周産期医療その他、地域でとくに必要な機能」。これらの機能を有する有床診療所の一般病床は届出制となり、知事の許可を受ける必要がないが、既存病床数には含まれる。また既設の病床を基準病床の既設病床にカウントする時期については現時点では未定としている。